No início do século XIX, famílias vindas de Atibaia, Bragança e Nazaré se estabeleceram no bairro de Camandocaia, no Sertão de Bragança, atraídas pela fertilidade das terras da região. 

Em 1824, foi construída uma capela dedicada a Nossa Senhora do Amparo no local, que é de onde vem o nome do município. Com o crescimento da comunidade, Amparo se tornou cidade em 1863. Hoje, ela é um dos principais destinos turísticos do Circuito das Águas Paulista.

O café foi um dos motores do desenvolvimento de Amparo. A partir de 1850, as lavouras impulsionaram o crescimento da cidade, que recebeu uma linha da Companhia Mogiana de Estradas de Ferro para escoar a produção. Esse progresso atraiu até Dom Pedro II, que visitou a cidade em 1878. 

Com a crise do café em 1929, Amparo enfrentou desafios econômicos, mas se reinventou com a atividade industrial e o turismo.