O território de Araguaína foi inicialmente ocupado por tribos da etnia Carajás, porém, em 1876, chegaram os primeiros migrantes. O povoado recebeu o nome "Livra-nos Deus", devido ao medo de ataques indígenas e animais selvagens, e depois passou a se chamar Lontra, em referência ao rio.

Com o tempo, o cultivo de cereais para subsistência foi substituído pela cultura do café, que acabou sendo abandonada por falta de vias de escoamento.

Em 1948, o nome é alterado novamente, dessa vez para Povoado Araguaína, em homenagem ao Rio Araguaia. Em 1953, veio a elevação a distrito e, em 1958, a município.

O desenvolvimento econômico-social de Araguaína teve início efetivamente em 1960, com a construção da rodovia Belém-Brasília. Entre 1960 e 1975, a cidade viveu um crescimento sem precedentes e, com a criação do estado do Tocantins em 1989, Araguaína passou a ser a maior cidade do novo estado.