Por volta de 1826, famílias alemãs vindas do Hunsrück se estabeleceram ao longo do Arroio Feitoria, formando a colônia Berghanschneiss, que mais tarde seria chamada Bom Jardim.

Com o crescimento da comunidade, surgiu a necessidade de infraestrutura. Em 1855, foi construída a Ponte do Imperador, com verba enviada por Dom Pedro II. Em 1964, Ivoti se emancipou e foi elevada a município.

O nome "Ivoti" vem do tupi-guarani ipoti-catu, que significa "flor" e foi escolhido em homenagem à tradição local de cultivar jardins coloridos. Em 2011, o título de Cidade das Flores foi oficializado, junto à inclusão da Feira das Flores no calendário estadual.

Com influência alemã e japonesa, Ivoti abriga o maior núcleo de casas enxaimel do Brasil e a maior colônia japonesa do estado. Hoje, é referência em produção alimentos, rações, sucos, hortifrutigranjeiros, flores e laticínios.