O município de José Bonifácio nasceu às margens do riacho Cerradão, onde boiadeiros faziam pouso no início do século XX. Em 1906, as primeiras casas de pau-a-pique deram início ao povoado que logo seria chamado de Cerradão. 

Em 1913, a primeira capela foi construída no local e, no ano seguinte, a vila foi elevada a Distrito de Paz. Com o crescimento e o esforço de líderes locais, veio a elevação à categoria de município em 28 de dezembro de 1926, que foi instalado em 6 de junho de 1927, já com o nome de José Bonifácio, em homenagem ao Patriarca da Independência do Brasil. 

O centro histórico de José Bonifácio surgiu no cruzamento das atuais avenida 9 de Julho e rua 13 de Maio, antiga rua do Comércio, que também é conhecida como “rua do sapo”. Ali começou a urbanização do povoado, com casas simples, comércio e religiosidade. 

Ao longo das décadas, a cidade avançou: em 1919, uma nova igreja foi construída, depois vieram escolas, correio e uma estrada ligando o distrito do Salto do Avanhandava a Rio Preto. Em 1938, José Bonifácio conquistou a sua Comarca própria, se consolidando como referência regional.