A história de Mirandópolis começa em 1922, quando Manoel Alvez de Athaíde se muda para a região, encantado pelas terras férteis no espigão divisor dos rios Tietê e Aguapeí. O povoado nasceu oficialmente em 1934 com o nome de São João da Saudade. 

Athaíde se tornou figura central no desenvolvimento do local, era ele quem autorizava festas, construções e até missas. Dessa forma, foi em uma rústica capela, onde hoje está a praça central, que o povoado celebrou a sua primeira missa, marcando o início da cidade dos sonhos do Coronel.

Antes de ser município, Mirandópolis passou por diferentes nomes e disputas políticas. A região foi chamada de São João da Saudade e depois de Comandante Arbues, mas o nome Mirandópolis (em homenagem ao senador Rodolfo Miranda) acabou sendo escolhido, batizando inclusive a estação ferroviária local. 

A emancipação aconteceu em 1944 e, em 1º de janeiro de 1945, Mirandópolis foi oficialmente instalada como município.