Antes de ser cidade, Navegantes era conhecido como "Pontal" ou "Lado Norte do Rio", uma comunidade formada por pescadores e agricultores que viviam na praia e às margens do rio Itajaí-Açu.

A forte ligação com o mar fez nascer a devoção à Nossa Senhora dos Navegantes, cuja primeira capela foi inaugurada em 1898. Em 1912, o bairro ganhou oficialmente o nome de Navegantes, em homenagem à santa protetora.

Até 1962, Navegantes era distrito de Itajaí. Diante da vontade de impulsionar o desenvolvimento local e da luta de famílias tradicionais, uma comissão mobilizou a população em busca da emancipação.

Em 30 de maio de 1962, o município foi criado e a sua instalação oficial ocorreu em 26 de agosto do mesmo ano, com a posse do primeiro prefeito, Athanásio Joaquim Rodrigues.