Naviraí tem duas versões para a origem de seu nome. A primeira diz que já havia um rio na região com esse nome, que tem origem guarani e significa "pequeno rio impregnado de arbustos roxos". A segunda diz que vem do castelhano e remete à palavra "natividade".

A cidade começou a se formar em 1952 com a chegada dos primeiros colonizadores, que construíram os seus ranchos onde hoje é o Rancho São Lucas.

As primeiras salas de aula foram construídas já em 1956, em 1963 veio a emancipação político-administrativa do município e, em 1967, começaram as aulas da 5ª série com a inauguração do Ginásio Estadual de Naviraí.

A cidade cresceu e, entre os marcos de sua história, temos ainda a instalação do campus da UFMS em 2010 e a criação da Catedral de Naviraí em 2011.