Ocupada a partir de 1850, Santa Cruz das Palmeiras surgiu em uma região que, muito tempo antes, havia sido rota de bandeirantes, entre os rios Mogi Guaçu e Jaguari e uma vegetação cheia de palmeiras. O espírito desbravador e o cultivo do café nas férteis terras roxas impulsionaram o nascimento do povoado, assim como a construção de uma capela em 1876. 

O desenvolvimento acelerou com a chegada da ferrovia Companhia Mogyana, em 1882, ligando as lavouras ao comércio.

Elevada à freguesia em 1881 e à vila em 1886, Santa Cruz das Palmeiras viu a sua história moldada pelo trabalho dos imigrantes italianos, que chegaram em grande número no final do século XIX. Esses colonos fortaleceram o comércio, a lavoura e a cultura local, enquanto o café fazia da cidade uma das maiores produtoras do estado. 

Entretanto, com a crise do café em 1929, os agricultores passaram a diversificar as suas culturas e, nos anos seguintes, a indústria canavieira se estabelece na região.