No século XIX, a região que daria origem a Santa Cruz do Rio Pardo era conhecida como "Boca do Sertão", por ser um ponto extremo da Província de São Paulo. Entre as povoações que surgiram ali, se destacou o lugarejo às margens do Rio Pardo, então chamado Capela de São Pedro.

Por volta de 1870, a povoação já reunia centenas de moradores, o que permitiu a sua elevação a Freguesia de Santa Cruz do Rio Pardo, entre 1872/1873.

Em 1876, veio a elevação a vila e, em 1884, a comarca. Finalmente, em 1906, Santa Cruz do Rio Pardo foi elevada à categoria de cidade.

A economia local evoluiu do cultivo de milho e cereais para a criação de suínos e gado bovino, chegando ao ciclo do café. O progresso veio acompanhado de intensa vida política, tensões e disputas. Já na segunda metade do século XX, o município buscou novas vocações econômicas, como o beneficiamento de arroz e a indústria calçadista.