Em 1617, os jesuítas fundaram a Aldêa de Sam Pedro do Cabo Frio. O povoado foi criado com a chegada de 500 índios trazidos do Espírito Santo e prosperou com a construção de igreja, casas e plantações. 

Já em 1630, os jesuítas solicitaram novas terras para sustentar as comunidades indígenas e religiosas. Em poucas décadas, a Aldeia de São Pedro superava até mesmo Cabo Frio em população e influência.

Com o tempo, famílias brancas se instalaram na região por meio do sistema de aforamento. A freguesia se transformou na vila de São Pedro da Aldeia em 1892 e, em 1929, ganhou status de cidade. 

O crescimento da região veio com a construção da Estrada de Ferro Maricá (1937) e da Rodovia Amaral Peixoto (1938). Em 1966, a Base Aérea Naval consolidou a importância estratégica do município e a Ponte Rio–Niterói (1974) trouxe o turismo.